Mange diagnoser stilles på baggrund af, hvad vi ser i mikroskopet.
Vi kigger efter parasitter, bakterier, svampeceller, kræftceller, urinkrystaller m.v.
Nogle præparater skal farves først.
Hvis vi skal undersøge, hvad en knude eller hævelse er, tager vi en nåleprøve, som vi sprøjter ud på et glas og farver, så vi kan se cellerne. Ofte kan vi så fortælle, om det drejer sig om en fedtknude, en kræftknude, eller måske en cyste.